近代中国对于航运经管类人才的培养探索，是一个从无到有的过程，早期航运界对于院校专业设置，认为仅设“航海轮机造船”三科即可。为了应对英美放弃航运特权之后的船务、港务、海务经营管理人才的缺乏，未雨绸缪，1942年11月，上海海事大学前身的“国立重庆商船专科学校”增设“管理科”并决定隔年三月开始招生，这是中国航海教育史上第一次针对经济组织与管理成立专门的科系。但随着1943年6月重庆船校被强行解散，探索状态的中国航运商科教育消失在了滚滚历史洪流之中，直至1949年新中国成立之后，才得以萌发和新生。

   1950年，东北航海学院航务管理系创设航务管理专业，为我校管理类专业二源之一。

   1952年，武汉河运学院航运系创设水运管理专业，为我校管理类专业二源之一。

   1953年，东北航海学院合并为大连海运学院，设海运管理系，设海运管理专业。

   1956年，武汉河运学院航运系创办水运经济组织与管理五年制本科专业，此为我校经济类专业之源流。

　1957年，武汉河运学院更名为武汉水运工程学院，航运系设立远洋运输业务专业。

　1958年，武汉水运工程学院水运管理专业和水运经济与组织专业合并为水运经济与管理专业。

　1959年，武汉水运工程学院水运经济系、水运管理系成立。水经系设水运经济与组织、远洋运输业务专业；水管系设水运管理、河船驾驶专业。

　1960年，上海海运学院数理力学（转财会）专业入学，此为我校财会类专业之源流。

　1962年，上海海运学院创办远洋运输业务专业、新增交通财务会计专业，时为上海地区仅有的两个财会类本科专业之一。

　1963年，交通部高校专业调整，武汉水运工程学院、大连海运学院经济管理类专业，整体并入上海海运学院，组建成立新的水运经系、水运管理系、远洋运输系。设置水运技术管理、水运经济与组织专业、交通财务会计、远洋运输业务专业。

　1965年，运洋运输业务专业从水运经济系分出设立远洋运输业务系。

　1966年，受“文革”影响，停止招生。

　1978年，水运经济管理、水运财务会计两个本科专业恢复，招收4年制本科生，隶属于远洋运输业务系。

　1979年，水运经济管理专业名称改为水运经济专业。

　1980年，水运管理系复建，下设水运管理、水运经济、水运财务会计专业。

　1983年，经国务院批准，学校接受联合国亚太经社会（ESCAP）援助，举办“航运经济管理”师资研究生班，学制3年，成为我国改革开放后研究生培养最早的国际合作项目之一，也是交通系统高等教育对外开放的首次尝试。

　1984年，接受联合国亚洲太平洋经济社会会（ESCAP）援助，开办航运管理工程本科班，学制5年。

　1986年，根据教育部统一整理调整的专业名称，水运经济专业更名为技术经济专业；运输经济学专业获得硕士学位授予权。

　1987年，水运经济系复建，下设技术经济、水运财会两本科专业。

　1989年，技术经济专业、水运财会专业更名为“运输经济学”和“涉外会计学”本科专业。

　1991年，水运经济系、水运管理系、国际航运系组建管理学院。

　1993年，新增交通运输管理（国际企业管理）、国际贸易本科专业；新增旅游管理、会计学(涉外会计)专科专业，学制3年。

　1993年，水运经济系更名为国际经济贸易系。

　1994年，新增国际金融本科专业。

　1994年，财务与会计学系建立。

　1995年，新增审计学、国际会计本科专业。

　1996年，与荷兰马斯特里赫特管理学院举办工商管理硕士(MBA)班，获得中外合作办学MBA学位授予权，开中国交通类院校MBA教育先河。

　1996年，运输经济学学科获得交通部重点学科；会计学专业、管理科学和工程专业获硕士学位授予权。

　1997年，新增国际集装箱运输管理、旅游管理本科专业；获得全国第三批工商管理（MBA）学位授予权，时为全国可授予MBA学位的56个试点学校之一。

　1997年，成立旅游管理系，与管理系合署办公

　1998年，新增保险学本科专业；获企业管理专业、国际贸易专业硕士学位授予权。

　1999年，教育部专业目录调整，运输经济学更名为经济学专业，国际贸易更名为国际经济与贸易专业，国际金融更名为金融学专业，国际企业管理更名为工商管理专业。审计学、保险学、国际集装箱运输管理本科专业方向停办。

　2000年，新增行政管理本科专业（2008年分出组建文理学院）；获技术经济与管理硕士学位授予权。

　2001年，新增国际经济贸易（电子商务）本科专业。

　2001年，管理学院一分为二，成立欢迎来到公海欢迎来到赌船。

　2002年，新增财务管理本科专业；获国内首批高级工商管理硕士学位（EMBA）授予权；管理科学与工程 、运输系统管理与工程经济 等两个学科获得上海一流学科（B类）资格。

　2002年，工商管理、旅游管理专业组建工商管理系，欢迎来到公海欢迎来到赌船共设国际经济贸易系、财务与会计学系、工商管理系三系。

　2003年，新增管理科学与工程本科专业。

　2004年，获批项目管理（ME）工程硕士专业学位授予权；工商管理系更名为工商与公共管理系。

　2005年，中荷MBA教育项目通过国际三大MBA教育认证机构之一AMBA协会的评估认证。

　2006年，新增电子商务专业；获批管理科学与工程（一级学科）硕士学位授予权。

　2007年，获批交通运输工程经济与管理二级学科博士点。

　2007年，欢迎来到公海欢迎来到赌船再次进行学科与专业资源整合，设置物流经济系、国际经济贸易系、财务与会计学系、工商与旅游管理系、管理科学系。

　2009年，新增会计学（ACCA）本科专业。

　2009年，欢迎来到公海欢迎来到赌船申报的创新研究基地被批准为“上海航运中心建设”研究方向的“上海市社会科学创新研究基地”、“上海发展战略研究所工作室”。　

   2010年，获批国内首批工程管理硕士（MEM）授予权。

　2011年，获批管理科学与工程一级学科博士点；获财务管理专业、旅游管理专业硕士学位授予权。

　2012年，管理科学与工程 、运输系统管理与工程经济两个学科获得上海一流学科（B类）资格。

　2014年，欢迎来到公海欢迎来到赌船成为AACSB（国际精英商学院协会）会员；获批应用统计硕士专业学位授予权。

　2015年，管理科学与工程（物流工程与管理）入选上海市高峰高原学科。

   2016年，会计学专业获得澳洲会计师公会（CPA Australia）学位认证。

　2017年，工程管理硕士（MEM）专业成为首批 25 家国际项目经理（IPMP） 人才培养基地。

　2018年，获批应用经济学获批一级学科硕士点，会计硕士专业学位（MPAcc）授予权。

　2019年，新增供应链管理本科专业。          2020年，经济学、管理科学两专业入选国家级一流本科专业建设点。

   2021年，物流经济系更名为物流经济与统计系，国际经济与贸易系更名为国际贸易与金融系。

   2022年，会计学专业入选国家级一流本科专业建设点，工商管理专业入选上海市一流本科专业建设点。

   2023年，欢迎来到公海欢迎来到赌船通过AACSB国际认证，成为中国涉海类高校中首个通过AACSB认证的商科学院。